Geneza powstania Wigier jest dość skomplikowana. W 1946 roku przy stacjonującym 57. Pułku Piechoty powstał klub WKS (Wojskowy Klub Sportowy) Suwałki. Nazwę „Wigry” klub przyjął w 1947 roku i pod tą nazwą występował do 1953 roku, gdy został rozwiązany. W kwietniu 1955 roku nazwę tą przejął inny klub działający w Suwałkach – Sparta. Był to klub istniejący zaledwie od kilku miesięcy i powstał z połączenia dwóch innych klubów założonych w 1948 roku : Spójni i Budowlanych. Początkowo jedyną sesją była piłka nożna. Warunki w Suwałkach były bardzo skromne. Nie można było liczyć na wygody. Na treningi chodziło się z korkami pod pachą i kopano tzw. „szmaciankę”. Na wyjazdy jeżdżono ciężarówkami.
W latach 40` i 50-tych w barwach „biało-niebieskich” grali m.in. Wacław Rosowski, Wacław Syberski, Stanisław Andruszkiewicz, Henryk Skindzier, Henryk Rosowski, Tadeusz Wasilewski, Czesław Waraksa, Lucjan Banaszczyk, Edward Doboryło, Henryk Poświatowski, Leszek Walendzewicz, Mieczysław Nowogórski, Zygmunt Ruciński, Wacław Dacz, Czesław Zdaniuk, Mieczysław Kowalewski, Stanisław Białowiec i Zdzisław Wierzajtys.
Pierwszy awans do III ligi Wigry wywalczyły w 1955 roku. Pierwszy mecz rozegrano 8 kwietnia 1955 roku w stolicy. Przeciwniem była Stal Okęcie. Faworyzowani gospodarze ponieśli jednak dość sensacyjną porażkę 1-2. Pierwszą bramkę dla Suwalczan w III lidze strzelił Józef Jacynowicz.
W latach 60-tych w Wigrach zaczęły się pojawiać prawdziwe piłkarskie talenty. Największym był Zbigniew Kwaśniewski. W Wigrach występował przez 4 sezony. Następnie bronił barw Włókniarza Białystok, Gwardii Warszawa oraz Odry Opole. W Opolu miał okazję trenować w drużynie A.Piechniczka. Ten słynny trener powiedział, że gdyby Kwaśniewski urodził się w innym mieście zrobiłby znacznie większą karierę. W reprezentacji wystąpił dwukrotnie. Był nawet przymierzany do wyjazdu na mundial w 1978 roku. W Suwałkach grał także H.Apostel, który był późniejszym trenerem reprezentacji, a aktualnie jest wiceprezesem do spraw szkolenia w PZPN-ie. W 1969 i 1970 Wigry wygrały Puchar Polski na szczeblu okręgowym.
Ten okres powszechnie uważa się za najlepszy w całej historii Wigier. W tym okresie Suwalczanie zasłynęli ze swoich pojedynków w Pucharze Polski. W Suwałkach gościły tak znane marki jak : Gwardia i Legia Warszawa (I liga), Zawisza Bydgoszcz, Motor Lublin, Ursus Warszawa czy Górnik Walbrzych (II liga). O meczach Wigier pisano już w Przeglądzie Sportowym.
Pierwszym profesjonalnym trenerem pracującym w Suwałkach był Gorzowianin, Tadeusz Sieja. 1 listopada 1970 roku Wigry rozegrały pucharowy mecz z I-ligową Gwardią Warszawa. Na tym meczu było ponad 7 000 widzów. Wigry zagrały w następującym składzie : Leonowicz, Jewdokimow, Zackiewicz, Krok, Dabrowski, Krok, Bliniewski, Eleksnin, Zdaniuk, Hanc, Wierzajtys, Waraksa, Siejewicz. Mecz zakończył się porażką 0-1 ale na długo zapadł w pamięci miejscowym kibicom.
W sezonie 1970/1971 Wigry awansowały ponownie do III ligi. Jednym z przeciwników był słynny Widzew Łodź. Wigry zajęły ostatecznie przedostatnie miejsce w tabeli i ponownie spadły do „okręgówki”. Grały w niej przez 4 lata.
W roku 1975 po reformie administracyjnej powstalo województwo Suwalskie. Po zakonczeniu sezonu 75/76 – 4 zespoly automatycznie awansowaly do III ligi, Wigry jako mistrz otrzymały szansę na grę w II lidze, lecz w decydujacych meczach z Olimpia Elblag prowadzoną przez W.Łazarka doznały porażek. Warto odnotować, że na suwalskim stadionie było 6 000 widzów.
30 wrzesnia 1979 roku to kolejna data, którą pamiętają starsi sympatycy „biało-niebieskich”. W Suwałkach zagościło aż 5 500 widzów. Rywalem w Pucharze Polski byla Legia Warszawa, naszpikowana reprezentantami Polski. Grali m.in : Paweł Janas (były trener reprezentacji) czy Marek Kusto ( działacz Wisły Kraków). Wigry zagrały w następującym zestawieniu: Leonowicz, Syryca, Sosnowski, Rykaczewski, Szczęsny, (97 Kruchelski), Liminowicz, Bolądź, śliwinski, Ołowniuk, Chrzanowski, Serafin. Mecz był nieprzeciętnym widowiskiem stojącym na wysokim poziomie. Wigry straciły bramkę w 120 minucie. Byl to chyba najlepszy mecz Wigier w historii. Warto odnotować znakomitą postawę golkipera Wigier, Henryka Leonowicza. W 1979 i w 1980 roku Wigry ponownie sięgnęły po Puchar Polski na szczeblu okręgu.
Ten okres również był bogaty w historii klubu. Suwalczanie wygrywali Puchar Polski na szczeblu okręgu w : 1982, 1985, 1988 i 1989 roku. Wigry stanowiły wówczas o sile III ligi. W 1980 roku ponownie Wigry zagrały w centralnej edycji Pucharu Polski. Po dogrywce pokonały II – ligowego Górnika Walbrzych 4-2. Niestety kolejny rywal okazal sie za silny i Wigry odpadły z rozgrywek po porażce z Ursusem Warszawa 1-3. Henryka Leonowicza godnie między słupkami zastąpił Krzysztof Kropiwnicki, który trafił do I – ligowego Bałtyku Gdynia. Kolejnym bramkarzem był Edward Ambrosiewicz, występujący później w zespole I ligi, Szombierkach Bytom. Inny zawodnik Wigier, Romuald Wiszniewski grał Bałtyku Gdynia i Pogoni Szczecin.
Lata 90-te to okres, w którym ponownie pojawiają się w Suwałkach duże talenty. Karol Kościuch Marek Krzywicki i Paweł Galiński grali w reprezentacji juniorów. Krzywicki jest jedynym wychowankiem Wigier, który zdobył bramkę dla reprezentacji. Stało się to w Ełku w meczu Polska – Litwa w 1992 roku. Wychowanek Wigier, Tomasz Giedrojć był w składzie reprezentacji olimpijskiej. Kolejnym świetnym bramkarzem był Andrzej Szyszko. W Reprezentacji Polski juniorów grał z takimi piłkarzami jak : Ebi Smolarek, Arkadiusz Głowacki czy Mariusz Lewandowski. Szyszko grał w kilku klubach I i II ligi (obecnie Ruch Chorzów). Także Marcin Warakomski odbywał w swojej karierze liczne II – ligowe przygody ( m.in. Jagiellonia czy Zagłębie Sosnowiec). Jednak największym talentem był urodzony w Białymstoku bramkarz, Wojciech Kowalewski. Jest to jedyny wychowanek Wigier, który zdobył Mistrzostwo Polski, Mistrzostwo Ukrainy i Puchar Ukrainy. Grał w następujących klubach: Legia Warszawa, Groclin Grodzisk Wlkp., Szachtar Donieck, Spartak Moskwa, Korona Kielce. Obecnie jest zawodnikiem greckiego Iraklisu Saloniki. Wystąpił w 10 meczach seniorskiej reprezentacji Polski, zadebiutował w kadrze Jerzego Engela 10 lutego 2002 roku, kiedy to w 77. minucie zastąpił w bramce Jakuba Wierzchowskiego w towarzyskim meczu z Wyspami Owczymi.
W roku 1996 Wigry spadły do IV ligi, ale pod wodzą trenera G.Szerszenowicza zdołały awansować ponownie do III ligi. W kolejnych latach Wigry utrzymywały się w III lidze. W 1992 roku w Wigrach pracował jedyny zagraniczny szkoleniowiec – Anatolij Kozłow. Był to okres całkowitej hegemonii Wigier jeśli chodzi o rozgrywki Pucharu Polski na szczeblu regionalnym. Wigry wygrywały Puchar w : 1991, 92, 93, 95, 96 i 1999 roku. 26 maja 1998 roku rozegrano mecz z okazji 50- lecia klubu. Spotkanie z Legią Warszawa zakończyło się rezultatem 0-0. 15 września 1999 roku Suwalczanie zagrali w Pucharze Polski z Wisłą Płock. Przegrali po rzutach karnych 2-4.
Piotr Neska, Damazy Walicki, Marian Dąbrowski, Roman Racz, Stanisław Pawłowski, Eugeniusz Szoch, Tadeusz Kościuk, Longin Rosiński, Jerzy Glazer, Stanisław Janowski, Wojciech Malinowski, Stefan Dojnikowski, Jacek Kruchelski, Andrzej Jurewicz, Ryszard Truszkowski, Wiktor Raczkowski, Adam Kacprzyk, Grzegorz Wołągiewicz. Obecnie prezesem Wigier jest Dariusz Mazur
Na początku drużyną kierowali najbardziej doświadczeni zawodnicy. Po zakończeniu kariery piłkarskiej trenerami zostali Roman Dziedziech, Zdzisław Wierżajtys.Pierwszym profesjonalnym trenerem był sprowadzony z Gorzowa Wielkopolskiego Tadeusz Sieja. Kolejni trenerzy : Tadeusz Miksa, Roman Racz, Bogusław Malec, Krzysztof Bedyński, Igor Urban, Wiesław Szaławiga, Janusz Michalczuk, Józef Polkowski, Kazimierz Lewandowski, Zbigniew Serafin, Stefan Liszewski, Anatolij Kozłow, Wojciech Niedźwiedzki, Wiesław Rykaczewski, Grzegorz Szerszenowicz, , Henryk Śliwiński, Czesław Niewiarowski, Romuald Wiszniewski, Jan Zołomańczuk, Marian Geszke, Zbigniew Kieżun, Piotr Stokowiec, Zbigniew Kaczmarek i Marek Witkowski. Aktualnie zespół prowadzi Donatas Vencevicius. Stefan Liszewski, Henryk Śliwiński i Grzegorz Szerszenowicz kilkukrotnie obejmowali to stanowisko.
Strzelcy bramek dla Wigier w II lidze
35 – Grażvydas Mikulenas
18 – Daniel Ołowniuk
16 – Tomasz Tuttas,
13 – Sebastian Radzio,
12- Sebastian Świerzbiński,
11 – Maciej Makuszewski
8 – Karol Drągowski,
7 – Adam Pomian
6 – Przemysław Makarewicz,
5 – Maciej Kisiel, Krystian Słowicki,
4 – Kamil Lauryn, Davit Makaradze, Łukasz Stasiak, Michał Twardowski, Vitalijs Zils
3 – Tomasz Bajko, Adrian Karankiewicz, Piotr Karłowicz, Povilas Luksys, Andrzej Niewulis, Rafał Sadowski,
2 – Aleksandar Atanacković, Audrius Brokas, Mateusz Chudziński, Michał Danilczyk, Dawit Dżanalidze, Sławomir Kleczkowski, Jakub Kowalski, Przemysław Łapiński, Willer Souza de Oliveira, Marcin Tarnowski, Bartosz Widejko
1 –Tomasz Barczak, Tomasz Bobrowski, Daniel Bogusz, Rafał Darda, Patryk Gondek, Valentin Jeriomenko, Marcin Rogoziński, Tomasz Sawicki, Kamil Wenger, Robert Wesołowski
samobójcze:
2 – Czerniewski i Ichim (Olimpia Elbląg)
Strzelcy bramek dla Wigier w III lidze (bez 30 bramek z 1956 roku i części z początku lat 70-tych)
* Do pełnego zestawienia brakuje ponad 300 bramek.